La sécurité et la confidentialité des données transmises sont assurées conformément au référentiel général de sécurité prévu à l'article 9 de l'ordonnance n° 2005-1516 du 8 décembre 2005 relative aux échanges électroniques entre les usagers et les autorités administratives et entre les autorités administratives. Elles sont notamment garanties par le chiffrement des flux, la sécurité du stockage et la traçabilité des connexions.
L'intégrité des documents déposés et l'identification fiable de l'expéditeur sont établies au moyen de certificats électroniques.
L'identification fiable du destinataire est assurée au moyen de la clé de connexion confidentielle remise en main propre.