A réception des enveloppes de vote, les membres du bureau de vote, sous la responsabilité du président du conseil d'administration ou son représentant, procèdent à l'émargement des votes par la lecture de l'identifiant de l'électeur. Chaque électeur ayant voté et signé l'enveloppe de réexpédition est mentionné sur la liste d'émargement. Le vote de l'électeur qui n'a pas attesté de la régularité de sa situation en apposant sa signature sur l'enveloppe ne peut être pris en compte.
Une liste d'émargement est établie par collège.
A l'issue de ces vérifications, les enveloppes de confidentialité sont déposées dans l'urne correspondant à chaque collège.
Un procès-verbal retraçant l'ensemble des opérations d'émargement est établi et signé par le président du conseil d'administration ou son représentant ainsi que par le président du bureau de vote et les assesseurs, en deux exemplaires dont l'un est conservé au siège de la caisse, et l'autre adressé au ministre chargé de l'agriculture.