Les élections ont lieu au scrutin secret.
Un bureau de vote est constitué pour chacun des collèges ; il est présidé par un administrateur sortant désigné par les représentants de ce collège au conseil d'administration et comporte deux délégués cantonaux désignés comme assesseurs par ces mêmes représentants.
A l'exception des caisses mentionnées à la dernière phrase du dernier alinéa de l'article L. 723-30 du code rural et de la pêche maritime, pour celles dont la circonscription s'étend sur deux ou plusieurs départements, un bureau de vote est constitué par département pour chacun des collèges.