L'organisme de formation professionnelle, quel que soit son statut, qui réalise des prestations de formation par apprentissage, met en œuvre, pour cette activité, une comptabilité analytique selon la méthode dite des coûts complets pour d'une part, établir le coût propre à cette activité et, d'autre part, déterminer par diplôme et titre préparé, le coût réel de la formation et les produits correspondants. Cette comptabilité analytique est tenue par établissement lorsque les prestations se réalisent sur des sites différents.
Tous les produits attachés à cette activité sont identifiés et répartis entre :
- les produits issus de la facturation des contrats d'apprentissage ;
- et les autres produits perçus au titre de l'apprentissage, mais également ceux correspondant aux dépenses libératoires des entreprises selon les modalités prévues au 2° de l'article L. 6241-4 et dans les conditions de l'article R. 6241-24.
Toutes les charges attachées à cette activité sont identifiées et réparties entre :
- les charges directes et indirectes réputées incorporables de par leur nature telles que définies, notamment, au II de l'article D. 6332-78 et à l'article D. 6332-83.
- et les autres charges réputées non incorporables qui sont étrangères à l'activité de formation par apprentissage. Les charges exceptionnelles sur opération de gestion ou en capital mais également financières relèvent par nature de cette catégorie.
La répartition des charges indirectes incorporables au titre de l'activité d'apprentissage s'effectue à partir d'une troisième clé correspondant aux heures de formation propre à chaque diplôme et titre préparé ou à défaut en fonction des effectifs propres à chaque typologie de formation.
Les procédures d'affectation des charges aux comptes concernant l'activité de formation par apprentissage ainsi que la détermination des clés de répartition font partie intégrante du système d'information comptable et doivent être définies de manière explicite dans la documentation interne des organismes de formation concernés ; leur mise en œuvre doit être contrôlable.