L'Observatoire national de l'insertion professionnelle se réunit au minimum deux fois par an en formation plénière sur convocation de son président.
Le service statistique ministériel en charge de l'enseignement supérieur assure le secrétariat général de l'Observatoire.
L'Observatoire peut, au titre de ses missions, décider de la constitution de groupes de travail permettant d'instruire certains sujets spécifiques.
L'Observatoire national de l'insertion professionnelle se réunit valablement si la moitié de ses membres sont présents ou représentés. En cas d'impossibilité, ainsi que de celle, le cas échéant, de son suppléant, un membre peut donner procuration à un autre membre.
Les membres exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, ils sont, sur leur demande, remboursés des frais de déplacement occasionnés par leur participation aux réunions de l'Observatoire national de l'insertion professionnelle dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé.
Un bilan d'activité de l'Observatoire national de l'insertion professionnelle est présenté chaque année au comité de suivi licence, master et doctorat.
Les autres règles de fonctionnement sont fixées dans un règlement intérieur de l'Observatoire national de l'insertion professionnelle.