Le président appelle l'affaire devant la commission. Il demande au rapporteur d'exposer l'objet du recours et les arguments de fait et de droit s'y rapportant. Le rapporteur général ou l'un des rapporteurs généraux adjoints peut compléter l'analyse du dossier.
Les membres de la commission, à partir de ces informations, débattent du problème posé par le recours.
Les délibérations sont couvertes par le secret et ne font pas l'objet d'un procès-verbal.
Au terme des débats, le président fait procéder au vote. Un procès-verbal comportant la signature de chacun des membres ayant pris part au vote fait état du sens de la décision.
Si les membres de la commission estiment que les informations dont ils disposent doivent être complétées par un examen complémentaire, ils peuvent provoquer, à l'issue d'un vote, l'ajournement de l'examen du recours. A cet effet, ils peuvent notamment demander au président de convoquer le requérant.
Si les membres concernés estiment qu'ils disposent de suffisamment d'informations pour émettre leur avis, ils recommandent au ministre compétent ou, le cas échéant, aux ministres conjointement compétents d'agréer, d'agréer partiellement ou de rejeter le recours. Cette recommandation constitue l'avis de la commission, qui est transmis par le président au cabinet du ministre compétent ou, le cas échéant, des ministres conjointement compétents, sauf dans les cas où le président de la commission a reçu délégation de signature dans les conditions prévues par l'article R. 4125-9 du code de la défense.
Dans le cas d'un agrément ou d'un agrément partiel, l'avis mentionne précisément l'acte annulé, les éventuelles mesures complémentaires d'exécution devant être prises et les autorités chargées de leur exécution.