Le directeur général de l'enseignement et de la recherche établit, en lien avec le doyen de l'inspection de l'enseignement agricole et après consultation du secrétariat général du ministère chargé de l'agriculture, un programme de travail pour chaque année scolaire. Ce programme de travail fait l'objet d'une lettre de commande annuelle.
Le rapport annuel mentionné à l'article 2 de l'arrêté du 2 septembre 2002 susvisé relatif aux missions de l'inspection de l'enseignement agricole rend compte au directeur général de l'enseignement et de la recherche de l'ensemble des activités de l'inspection et de l'exécution du programme de travail annuel.