La mise en œuvre par les ordonnateurs de la procédure de service fait présumé peut s'inscrire dans le cadre d'un protocole d'accord entre l'administration et ses co-contractants.
Ce protocole, prévu dans le contrat, peut notamment prévoir la mise en œuvre de contrôles partagés propres à garantir la qualité des processus de livraison ou réalisation des prestations et de facturation.