En contrepartie de la mise en œuvre de la procédure de service fait présumé, l'ordonnateur, en coordination avec les services du pouvoir adjudicateur ou de l'entité adjudicatrice, procède à la mise en place d'un dispositif de contrôle interne propre à prévenir les risques.
L'ordonnateur réalise périodiquement, au minimum deux fois par an, des contrôles a posteriori selon un plan de contrôle arrêté dans les conditions fixées par instruction ministérielle.