Le directeur général de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse détermine les lieux de stage en fonction de l'offre de stages et des vœux émis par les stagiaires et veille au bon déroulement de ceux-ci. L'affectation sur les lieux de stages s'effectue dans la mesure du possible selon le principe de la continuité territoriale.
Le déroulement de la formation ainsi que l'organisation des stages sont garantis par le directeur territorial adjoint.
Ce dernier organise le parcours de l'éducateur stagiaire sur les 18 mois de formation et s'assure que les situations proposées lui permettent d'accéder à des expériences professionnalisantes.