Le directeur général de l'Ecole nationale de l'aviation civile est responsable de la mise en œuvre du programme de formation, de l'organisation des enseignements, de la pédagogie, du choix des intervenants et des autres organismes de formation auxquels il peut recourir, ainsi que de l'organisation des épreuves de l'évaluation, conformément aux instructions du directeur général de l'aviation civile.
Durant la période de formation, les élèves et stagiaires sont placés sous l'autorité du directeur général de l'Ecole nationale de l'aviation civile.
Au début de la dernière année de formation les stagiaires intègrent leur service d'affectation pour effectuer le parcours professionnel spécialisant prévu par l'arrêté du 25 juin 2019 susvisé.