Les personnes occupant un emploi d'expert de haut niveau ou de directeur de projet sont placées auprès des secrétaires généraux des ministères, des délégués généraux ou des délégués relevant directement du Premier ministre ou de un ou plusieurs ministres, des directeurs généraux, des directeurs ou des chefs de service des administrations centrales, des chefs d'inspection générale ou des vice-présidents des conseils généraux institués dans les ministères ou encore des chefs de service à compétence nationale, des préfets, des hauts-commissaires de la République, des directeurs de l'administration territoriale de l'Etat et des chefs des services déconcentrés.
Des emplois d'expert de haut niveau ou de directeur de projet peuvent être créés au sein des services administratifs du Conseil d'Etat ou de la Cour des comptes. Ils sont placés sous l'autorité du vice-président du Conseil d'Etat ou du premier président de la Cour des comptes.
En outre, pour le ministère de la défense, ils peuvent être placés auprès du chef d'état-major des armées ou auprès de chacun des chefs d'état-major d'armée.
Le cas échéant, ils peuvent être rattachés à plusieurs des autorités mentionnées ci-dessus, relevant éventuellement de ministres différents.