Une indemnité de caisse et de responsabilité complémentaire est versée par l'Office français de la biodiversité à l'agent comptable au titre de sa responsabilité personnelle et pécuniaire, calculée sur la base d'un budget de fonctionnement cumulé des budgets de fonctionnement de chacun des organismes membres du groupement comptable, à l'exclusion du budget de l'Office français de la biodiversité.
L'Office français de la biodiversité est remboursé par les autres membres du groupement d'une partie de l'indemnité de caisse et de responsabilité complémentaire allouée à l'agent comptable du groupement au prorata de leur budget de fonctionnement respectif.