La direction « navigabilité et opérations » est chargée d'élaborer, de mettre en œuvre et d'animer la politique de sécurité en matière :
- d'agréments techniques et de surveillance des entreprises de transport aérien, des entreprises de travail aérien et des autres personnes assurant l'exploitation des aéronefs en aviation générale ;
- d'organismes de production, d'organismes de suivi de navigabilité et de maintenance et de personnels qui y concourent ;
- de certification, de maintien de la navigabilité et de conditions d'emploi des aéronefs ;
- d'autorisations, de dérogations et d'approbations prévues par la réglementation internationale en matière de sécurité du transport par air des marchandises dangereuses lorsqu'elles ne sont pas délivrées par un organisme habilité ou par les directions interrégionales.
Elle exerce son activité en conformité avec les référentiels internationaux, européens et nationaux. Elle assiste l'Agence de l'Union européenne pour la sécurité aérienne lorsque ces tâches relèvent de sa compétence. Elle participe par ses actions au programme de sécurité de l'Etat.