Le secrétaire général, haut fonctionnaire de défense et de sécurité et haut fonctionnaire chargé de la sécurité routière, est responsable des missions de défense et de sécurité.
Il est responsable de la politique de communication du ministère et est chargé de la mise en œuvre opérationnelle des productions de communication.
Il prépare la contribution du ministère à la stratégie nationale de développement durable, coordonne l'élaboration des plans d'actions correspondants et en suit l'application. Il définit et coordonne la mise en œuvre de la politique du ministère en matière d'inclusion et de handicap.
Des équipes projets sont constituées en fonction des besoins, pour mettre en œuvre les actions répondant aux missions du secrétariat général. Le secrétaire général peut aussi créer un ou plusieurs pôles chargés d'exercer des fonctions incluant notamment le travail réglementaire, le travail de veille et de réflexion stratégique, le travail d'animation des communautés professionnelles, ainsi que des missions diverses, transversales ou ponctuelles.