Chaque école interne est dirigée par un directeur assisté d'un secrétaire général.
Les directeurs des écoles internes assurent, sous l'autorité du directeur général, le bon fonctionnement de l'école et ils ont autorité sur les personnels qui y sont affectés. Ils peuvent subdéléguer leur signature à des membres du personnel d'encadrement de l'école, dans la limite de leurs attributions.
Chaque école interne dispose d'un conseil d'école qui rend des avis ou formule des propositions au conseil d'administration sur l'ensemble des sujets relatifs à la vie de l'école et contribue à l'élaboration des choix stratégiques de l'établissement. Ce conseil est assisté d'une commission des enseignants, d'une commission de la recherche et de l'innovation et d'une commission de l'enseignement et de la vie étudiante.
Chaque conseil d'école comprend pour moitié des représentants élus des personnels et des étudiants. Les présidents des conseils d'école sont élus en leur sein parmi les membres extérieurs n'assurant pas la représentation de l'Etat. Ils disposent d'une voix prépondérante en cas de partage égal des voix.
L'établissement peut participer au titre de ses écoles internes à des coordinations et regroupements mis en œuvre en application du chapitre VIII bis du titre Ier du livre VII du code de l'éducation.