La mission est dirigée par un membre de l'inspection générale des finances, chef de mission. Celui-ci est nommé par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget, après avis du ministre chargé des transports.
Les membres de la mission sont désignés, sur proposition du chef de mission, par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget et choisis parmi les fonctionnaires placés sous leur autorité, notamment parmi les membres du corps du contrôle général économique et financier. Le ministre chargé des transports met des agents à la disposition du chef de la mission.