La taille du troupeau correspond à l'effectif maximal d'animaux (ovins ou caprins) détenus par le souscripteur pendant une période minimale de 45 jours consécutifs. Pour les troupeaux comprenant des animaux pris en pension, cette période est portée à 90 jours consécutifs.
Si le souscripteur décide de ne pas mettre en œuvre les options de protection sur l'intégralité de son troupeau, la taille du troupeau retenue pour calculer les plafonds des dépenses applicables est déterminée sur la base du nombre d'animaux protégés (ovins ou caprins) détenus par l'éleveur tout au long de la période de pâturage. Les animaux nés sur l'exploitation et les animaux pris en pension au cours de la période de pâturage sont comptabilisés le cas échéant.