L'élection des représentants du personnel au conseil d'administration intervient au plus tard le 31 décembre 2022.
Jusqu'à cette élection, la représentation des personnels au sein du conseil d'administration est déterminée, à titre transitoire, proportionnellement aux voix obtenues par chaque organisation syndicale à la plus forte moyenne lors des dernières élections organisées au comité technique du commissariat général à l'égalité des territoires et au comité économique et social de l'établissement public national d'aménagement et de restructuration des espaces commerciaux et artisanaux.
Lorsque, pour la désignation d'un représentant titulaire, des organisations syndicales ont obtenu la même moyenne, le représentant est attribué à l'organisation syndicale qui a recueilli le plus grand nombre de voix. Si les organisations syndicales concernées ont recueilli le même nombre de voix, le siège est attribué par voie de tirage au sort.
Une décision du directeur général de l'Agence nationale de cohésion des territoires fixe la liste des organisations syndicales habilitées à désigner des représentants du personnel au sein du conseil d'administration.
Les représentants du personnel sont librement désignés par les organisations syndicales parmi les agents et les salariés en fonction dans les services constituant l'agence.