S'agissant des frais d'hébergement, les dispositions des premier, troisième et quatrième alinéas de l'article 8 sont applicables aux missions en outre-mer. Le remboursement forfaitaire est effectué si l'agent est en mission pendant tout ou partie de la fraction de temps comprise entre 0 heure et 5 heures et sur présentation du justificatif de paiement de l'hébergement.
Les dispositions prévues aux articles 10, 13 et 14 sont applicables aux missions en outre-mer.
Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la commune, la gare, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ du lieu de mission pour le retour. Le temps passé à bord des bateaux ou avions n'ouvre droit à aucune indemnité de repas. Toute escale supérieure ou égale à 5 heures ouvre néanmoins droit à une indemnité de repas ou de nuitée en fonction des plages horaires définies à l'article 12. Par dérogation, les déplacements temporaires effectués au sein d'une collectivité ou région d'outre-mer depuis cette même collectivité ou région se voient appliquer les dispositions de l'article 11.