Dans les lycées de défense est instituée une commission éducative. Cette commission, qui est présidée par le commandant du lycée de la défense ou son représentant, comprend notamment des personnels de l'établissement, dont au moins un professeur, et au moins un parent d'élève. Sa composition est inscrite dans le règlement intérieur des établissements qui fixe les modalités de fonctionnement. Elle associe, en tant que de besoin, toute personne susceptible d'apporter des éléments permettant de mieux appréhender la situation de l'élève concerné.
Elle a pour mission d'examiner la situation d'un élève dont le comportement est inadapté aux règles de vie dans l'établissement et de favoriser la recherche d'une réponse éducative personnalisée. Elle est également consultée en cas d'incidents impliquant plusieurs élèves. La commission éducative assure le suivi de l'application des mesures de prévention et d'accompagnement, des mesures de responsabilisation ainsi que des mesures alternatives aux sanctions.