Le président d'Université Côte d'Azur, par ses décisions, le conseil d'administration, par ses délibérations, le conseil académique, par ses délibérations et avis, assurent l'administration de l'université.
Université Côte d'Azur institue un comité de pilotage qui assiste le président et qui, par ses avis et propositions, contribue à définir, structurer, unifier et ajuster la stratégie de l'établissement.
Université Côte d'Azur est dotée d'un conseil d'orientation stratégique international.