S'il apparaît au contrôleur budgétaire que la gestion de l'établissement remet en cause le caractère soutenable de l'exécution budgétaire au regard de l'autorisation budgétaire, la couverture de ses dépenses obligatoires ou inéluctables, la poursuite de son exploitation ou la qualité de la comptabilité budgétaire, il en informe l'ordonnateur. Celui-ci lui fait connaître dans les mêmes formes les mesures qu'il envisage de prendre pour rétablir la situation budgétaire.
Le contrôleur budgétaire rend compte de ces échanges au ministre de l'action et des comptes publics et à la ministre de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation.