Les principales missions que peuvent être amenés à réaliser les agents affectés aux unités hospitalières sont les suivantes :
- les extractions médicales des personnes détenues affectées dans les unités hospitalières, dans les conditions prévues aux articles D. 291, D. 292 et suivants, D. 314 et suivants, D. 391 et suivants du code de procédure pénale ;
- les extractions judiciaires les concernant, dans les conditions prévues aux articles D. 57, D. 291, D. 292 et suivants, D. 314 et suivants du code de procédure pénale ;
- les transferts administratifs des personnes détenues rejoignant ou quittant ces unités, dans les conditions prévues aux articles D. 290, D. 292 et suivants, D. 300 et suivants, D. 304 et suivants, D. 311 et suivants du code de procédure pénale ;
- la sécurisation des unités hospitalières spécialement aménagées et des unités hospitalières sécurisées interrégionales ainsi que la surveillance des personnes détenues affectées en unités hospitalières sécurisées interrégionales.