Les principales missions que peuvent être amenés à réaliser les agents affectés aux équipes nationales de transfèrement sont les suivantes :
- les transferts administratifs des personnes détenues, y compris internationaux dans les conditions prévues aux articles D. 290, D. 292 et suivants, D. 300 et suivants, D. 304 et suivants, D. 311 et suivants du code de procédure pénale ;
- les remises aux autorités étrangères et la prise en compte de personnes détenues remises par les autorités étrangères.