La division « exploitation » est chargée de piloter l'activité des groupements de soutien de base de défense, ainsi que des groupements de soutien en outre-mer et à l'étranger et des directions du commissariat d'outre-mer. Elle assure en outre à leur profit une mission de conseil et d'assistance. Elle s'assure de la réalisation par eux des objectifs de qualité de service issus du contrat d'objectifs et de performances et des contrats de service.
Le chef de la division « exploitation » a autorité sur les chefs de groupement de soutien des bases de défense en métropole.