Les services sont organisés en pôles constitués comme suit :
- Un pôle juridique, compétent pour les questions relatives au traitement des dossiers de manquement, au recouvrement des amendes et aux contentieux qui peuvent en résulter. La personne responsable du pôle juridique est également rapporteur permanent devant le collège statuant en formation de sanction. Son adjoint est rapporteur suppléant.
Deux pôles techniques :
- Un pôle bruit, compétent pour toutes les questions relatives aux nuisances sonores et aux conditions de survol des territoires.
- Un pôle qualité de l'air et des milieux, pour toute question se rapportant aux pollutions de l'atmosphère, des eaux, des sols ainsi qu'à la biodiversité.
- Un pôle administratif, placé sous la responsabilité du secrétaire général et chargé de la gestion de proximité pour les ressources humaines et les finances, des systèmes d'information, de la communication et de l'information.