En entrepôt fiscal de stockage, la comptabilité matières mensuelle mentionnée à l'article 5 retrace, par carburant et par biocarburant :
- en entrée, les volumes de biocarburants, ainsi que leurs pièces justificatives ;
- en sortie, les volumes de biocarburants ventilés en fonction de leurs destinations, ainsi que les pièces justificatives.
Les biocarburants contenus dans les carburants destinés à l'exportation, l'expédition intracommunautaire ou l'avitaillement ainsi que toute sortie physique autre que les mises à la consommation pour un usage carburant, doivent être exclus du mécanisme de la taxe incitative relative à l'incorporation de biocarburant. A défaut de pouvoir déterminer le taux réel d'incorporation, ces carburants sont réputés contenir la teneur en biocarburant telle qu'elle résulte du rapport entre les quantités comptabilisées de biocarburant et celles de carburant durant le mois. Les sorties de l'espèce ne donnent lieu à l'émission d'aucun certificat.
La comptabilité matières et les certificats émis en sortie d'entrepôt fiscal de stockage sont transmis pour visa au service des douanes contrôlant l'entrepôt fiscal de stockage, au plus tard le vingt-septième jour suivant le mois auquel elle se rapporte.