La commission est assistée d'un secrétariat chargé de l'organisation matérielle et de la préparation des séances et de l'enregistrement des recours.
Le secrétariat convoque les membres de la commission.
Le cas échéant, en application de l'article R. 142-8-4 du code de la sécurité sociale, il convoque l'assuré ou notifie la demande d'examen médical au médecin désigné par la commission en application du même article.
Le secrétariat assiste à chaque séance de la commission et en établit le procès-verbal. Il notifie les décisions de la commission.