Les praticiens-conseils recrutés à l'issue du processus de recrutement national bénéficient d'un parcours d'intégration modulaire obligatoire sur une période maximale de douze mois, comportant une formation théorique et pratique. Dans le trimestre suivant l'embauche est mis en place un accompagnement spécifique à la prise de fonctions, avec la désignation notamment d'un tuteur.
La formation est dispensée par l'Ecole nationale supérieure de sécurité sociale, sur la base d'un programme défini et organisé conjointement par la Caisse nationale de l'assurance maladie et le secrétariat général des ministères chargés des affaires sociales, afin de prendre en compte les besoins des agences régionales de santé.