Dans les sections internationales, les aménagements de programmes portent sur une ou deux disciplines non linguistiques parmi les trois suivantes : histoire-géographie, mathématiques, enseignement scientifique.
Ces aménagements sont fixés après concertation avec le pays ou l'organisme intéressé au fonctionnement de la section et précisés par arrêté du ministre chargé de l'éducation, de façon à tenir compte à la fois des exigences du programme français en vigueur dans les classes correspondantes et de celles des programmes dispensés dans les mêmes classes du ou des pays étrangers concernés.
Lorsque la discipline non linguistique faisant l'objet d'un aménagement est l'histoire-géographie, la durée totale de l'enseignement est de quatre heures par semaine, en classes de seconde, première et terminale, assurées pour moitié en langue française, pour moitié en langue étrangère.
Lorsque la discipline non linguistique faisant l'objet d'un aménagement est les mathématiques, un enseignement complémentaire de mathématiques s'ajoute à l'enseignement de mathématiques de droit commun, en classe de seconde, et à l'enseignement scientifique en classes de première et terminale. Cet enseignement complémentaire a une durée moyenne de 1,5 heure hebdomadaire. Il est dispensé dans la langue de la section.
Lorsque la discipline non linguistique faisant l'objet d'un aménagement est l'enseignement scientifique, un enseignement scientifique complémentaire s'ajoute à l'enseignement de physique chimie ou de sciences et vie de la terre en classe de seconde, et à l'enseignement scientifique en classes de première et terminale. Cet enseignement complémentaire a une durée moyenne de 1,5 heure hebdomadaire. Il est dispensé dans la langue de la section.