Le programme de travail de la commission est arrêté par son président.
L'instruction des dossiers et le secrétariat de la commission sont assurés par le secrétariat général du ministère, en lien notamment avec les directions générales concernées par le projet.
Chaque projet immobilier est présenté à la commission à chacune des trois étapes suivantes :
- à la remise du préprogramme ou du premier dossier relatif aux études préalables ;
- à la remise du programme ou à la fin des études préalables ;
- à la remise des études d'avant-projet définitif.
La commission peut demander une nouvelle présentation, notamment lorsque des éléments majeurs du projet sont modifiés, ainsi qu'à l'achèvement de l'opération.
Après chaque présentation, la commission rend un avis qui peut être assorti de recommandations. Cet avis est transmis notamment au maître d'ouvrage de l'opération.