Le préfet de région auquel une mission interrégionale de coordination des actions de protection du loup et de prévention des dommages aux troupeaux d'animaux domestiques a été confiée sur le fondement de l'article 66 du décret du 29 avril 2004 susvisé peut, par arrêté, lorsque le nombre de loups abattus a atteint avant la fin de l'année civile le maximum autorisé par les ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture, augmenter ce plafond dans la limite de 2 % de l'effectif moyen de loups estimé annuellement, les destructions supplémentaires ainsi permises ne pouvant résulter que de tirs de défense (simple ou renforcée) autorisés par les préfets de département.
Lorsque le plafond de destruction de loups ainsi prévu est également atteint, ce préfet peut, afin d'assurer en permanence la protection des troupeaux domestiques, permettre par arrêté que se poursuivent les tirs de défense simple autorisés par les préfets de département, le nombre de loups abattus sur ce fondement étant pris en considération pour déterminer le nombre maximum de loups pouvant être détruits l'année suivante si l'évolution de la population le nécessite.