Les opérations de nettoyage et désinfection prévues aux articles 14 et 18 sont effectuées sous contrôle du vétérinaire sanitaire mandaté et du préfet. Elles sont engagées dès l'élimination du troupeau, et au plus tard dans un délai de six semaines après celle-ci.
Les déjections liquides ou solides et les fumiers sont retirés du bâtiment et bâchés, ou à défaut stockés à l'abri de la faune sauvage et des intempéries, avant les opérations de nettoyage et désinfection, de telle sorte qu'ils ne puissent constituer une source de contamination pour les installations et matériels du site d'élevage. Les tracteurs et autres matériels de manipulation du fumier sont décontaminés après cette opération. Le stockage, l'épandage des déjections animales et des eaux de nettoyage ne doivent pas constituer une source de contamination pour l'environnement. Les eaux de nettoyage sont évacuées soit dans une fosse, soit vers un réseau d'eaux usées et dans le respect des prescriptions réglementaires en vigueur. Lorsqu'elles sont dirigées vers un dispositif de stockage, provisoire ou non, celui-ci est vidé et désinfecté à l'issue du chantier de nettoyage et de désinfection. Le nettoyage et la désinfection des locaux d'élevage et de leurs annexes ainsi que du matériel sont effectués selon un protocole écrit, établi avant la mise en œuvre du chantier et approuvé par le vétérinaire sanitaire mandaté, à l'aide de produits agréés pour la désinfection dans le cas de maladies contagieuses. Ce protocole prend également en compte la lutte contre les animaux nuisibles, notamment les insectes et les acariens indésirables, la protection contre l'intrusion des animaux domestiques ainsi que la décontamination des abords.
La durée du vide sanitaire après les opérations de nettoyage et de désinfection des locaux ainsi que du matériel d'élevage (notamment les chaînes d'alimentation, silos et bacs réservoirs d'eau) permet un assèchement le plus complet possible des locaux et du matériel.
Leur efficacité doit être officiellement validée par un contrôle visuel de la qualité du nettoyage et par un contrôle bactériologique négatif des surfaces vis-à-vis de tout sérotype de Salmonella, avant le repeuplement des locaux. Les contrôles sont effectués suivant les modalités précisées par instruction du ministre chargé de l'agriculture. Lorsqu'une ou plusieurs séries supplémentaires de contrôles bactériologiques sont nécessaires pour valider officiellement le résultat de la décontamination, leur coût est à la charge du propriétaire des animaux.