Sous l'autorité de la directrice :
- le chef de cabinet est chargé d'assister la directrice dans l'organisation et la coordination de l'activité des services de la direction ;
- le référent territorial exerce une fonction transversale d'intermédiation entre les préfets et leurs représentants, les exploitants d'aérodrome, les représentants des collectivités territoriales concernées, les principaux acteurs économiques en lien avec l'aviation civile ;
- le responsable de la qualité, du pilotage de la performance par objectifs et du programme de sécurité de l'Etat et de la sécurité des systèmes d'information est chargé de la démarche qualité, de la coordination du pilotage de la performance par objectifs et de la coordination des actions relatives au programme de sécurité de l'Etat.