Les dossiers complets doivent être adressés au ministère en charge de l'énergie au plus tard le 31 octobre d'une année civile. Les décisions prises sur le fondement de ces dossiers prennent effet à compter du 1er janvier de l'année civile suivante.
Toutefois, à titre exceptionnel et sous réserve de l'accord de la commission interministérielle des biocarburants, des décisions de reconnaissance pourront être accordées hors des échéances fixées ci-dessus. Notamment, les entités industrielles qui démarrent une nouvelle activité de production de biocarburants, éligibles au double comptage avant le 31 octobre d'une année civile, pourront obtenir, dans le délai prévu à l'article 5, une décision applicable pour l'année en cours.