En Corse, la commission régionale prévue à l'article 6 et dépourvue de collège départemental, peut comporter un ou plusieurs représentants de l'Assemblée de Corse, des maires des communes et des présidents des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre désignés dans les conditions prévues par l'article 7. La commission exerce les compétences mentionnées aux articles 7 et 8. Pour l'application du quatrième alinéa de l'article 6, la référence au représentant du conseil régional est remplacée pour la collectivité de Corse par la référence au président du conseil exécutif de Corse conformément à l'article L. 4421-1 du code général des collectivités territoriales.
Pour l'application de l'article 6 à la région Auvergne-Rhône-Alpes, la commission régionale peut aussi comporter un représentant de la collectivité à statut particulier dénommée « métropole de Lyon », désigné par le président du conseil de la métropole. Pour l'application de l'article 7, le collège départemental du Rhône comporte un représentant du conseil départemental désigné par le président du conseil départemental, un représentant de la métropole de Lyon désigné par le président du conseil de la métropole, deux représentants des maires des communes et des présidents des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et quatre personnalités qualifiées, désignés dans les conditions prévues à l'article 7.
A La Réunion et en Guadeloupe, la commission régionale prévue à l'article 6 exerce les compétences mentionnées aux articles 7 et 8. Elle est composée de chefs de services déconcentrés de l'Etat, d'un représentant de chaque conseil départemental de son ressort territorial désigné par le président dudit conseil, de personnalités qualifiées désignées dans les conditions prévues au sixième alinéa de l'article 5 du décret du 30 décembre 2011 susvisé par arrêté du préfet de région, dont la moitié sur proposition du membre régional du mouvement associatif le cas échéant. Elle peut comprendre un ou plusieurs représentants des maires des communes et des présidents des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre désignés dans les conditions prévues par l'article 7.
En Guyane, en Martinique, à Mayotte, dans les collectivités d'outre-mer régies par l'article 74 de la Constitution et en Nouvelle-Calédonie, une commission territoriale du fonds exerce les compétences mentionnées au dernier alinéa de l'article 7 et à l'article 8. Sa composition est fixée par le représentant de l'Etat concerné qui la préside, en considération des caractéristiques des institutions locales.