Un règlement intérieur est établi par le comité d'experts dans les six mois suivant sa désignation.
Il est adopté à la majorité des deux tiers des membres et doit être approuvé par le ministre chargé de la recherche.
Ce règlement intérieur précise les modalités d'examen des dossiers et de contrôle du respect des règles de gestion affichées dans les collections inscrites au registre européen. Il prévoit les modalités de réexamen des dossiers lors de contestation. Il définit les règles de déontologie applicables aux membres du comité. Il prévoit à cet effet les conditions dans lesquelles les membres du comité s'abstiennent de prendre part aux travaux en cas de conflit d'intérêts.