En matière de temps de travail et comptabilisation de ce temps, les agents en télétravail sont soumis au règlement intérieur régional de la direction dans laquelle ils sont affectés.
Sauf pour les agents soumis à un forfait jours en application de l'article 10 du décret du 25 août 2000 susvisé, dans les directions ayant mis en place une gestion automatisée du temps de travail et ayant cette possibilité technique, le télétravailleur enregistre son temps de travail sur son poste de travail. Lorsque la direction entend décompter la durée quotidienne de travail des agents de manière forfaitaire, elle en informe le comité technique de service déconcentré.
L'horaire individuel de l'agent est mentionné dans son acte individuel, il intègre les plages fixes prévues dans le règlement intérieur régional.