Le directeur général de l'école est nommé pour cinq ans par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'aviation civile. Il est choisi parmi les ingénieurs généraux des ponts, des eaux et des forêts ou les ingénieurs en chef des ponts, des eaux et des forêts remplissant les conditions requises pour l'avancement au grade d'ingénieur général, justifiant d'une expérience dans le domaine de l'aviation.
Il est nommé après appel public à candidature faisant l'objet d'une publicité au Journal officiel de la République française et sur proposition d'un comité de sélection dont les membres sont nommés par le ministre chargé de l'aviation civile. Le comité de sélection est composé de cinq à dix membres. Son organisation et son fonctionnement sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.
Le mandat du directeur général peut être renouvelé une fois sur proposition du conseil d'administration, par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'aviation civile.
Le directeur général est assisté d'un directeur général adjoint. Lorsque la nomination de ce dernier ne relève pas du directeur général de l'école, il est proposé par ce dernier à l'autorité de nomination.
Le directeur général adjoint supplée le directeur général en cas d'absence ou d'empêchement.