L'agrément est accordé dans le cadre de la spécialisation géographique suivante :
Départements suivants de la région Auvergne-Rhône-Alpes : Allier, Cantal, Haute-Loire, Puy-de-Dôme, Ardèche, Loire et Rhône ;
Départements de la région Nouvelle Aquitaine : Corrèze, Creuse et Haute-Vienne.
Le conservatoire botanique du Massif central assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du Massif central tel que défini par le décret n° 2004-69 du 16 janvier 2004 relatif à la délimitation des massifs.