En application de l'article L. 4011-2 du code de la santé publique, les priorités nationales en matière de protocoles de coopération sont les suivantes :
1° Prévention et suivi des pathologies cardio-neurovasculaires et du diabète ;
2° Prévention et suivi des pathologies respiratoires ;
3° Prévention et suivi des cancers ;
4° Prévention de l'hospitalisation et maintien à domicile des patients âgés ;
5° Prévention et suivi des pathologies ophtalmologiques ;
6° Prévention et suivi des pathologies gynécologiques et obstétricales ;
7° Prévention et suivi des pathologies bucco-dentaires ;
8° Prévention des pathologies et suivi du développement des enfants ;
9° Prévention et suivi des pathologies en santé mentale.