Le mandat des membres élus et des personnalités qualifiées du conseil d'administration et du conseil scientifique est de quatre ans, à l'exception de celui des représentants des étudiants, qui est de deux ans. Ce mandat est renouvelable.
Les représentants des personnels et des étudiants sont élus au scrutin de liste indirect à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle, avec répartition des restes selon la règle du plus fort reste. Le corps électoral est composé de grands électeurs issus des personnels de l'établissement public et des établissements membres. Le nombre de grands électeurs pour les collèges mentionnés aux 3°, 4° et 5° de l'article 6 est défini dans le règlement intérieur. Chaque établissement membre transmet la liste des grands électeurs qu'il a désignés au président de l'établissement public qui arrête la liste électorale. Chaque établissement fixe les modalités de désignation de ses grands électeurs.
Les listes de candidats doivent comporter alternativement un candidat de chaque sexe. Les listes doivent comprendre :
1° Six noms pour les sièges à pourvoir au titre du 4° de l'article 6 avec des candidats issus d'au moins trois des établissements ou organismes membres et au moins un exerçant ses fonctions dans l'établissement public pour une quotité supérieure ou égale à 50 % ;
2° Six noms pour les sièges à pourvoir au titre du 5° de l'article 6 avec des candidats issus d'au moins trois des établissements ou organismes membres ;
3° Trois noms pour les sièges à pourvoir dans chacun des deux collèges du 3° de l'article 6 avec des candidats issus d'au moins deux des établissements ou organismes membres et de l'établissement public.
L'élection a lieu soit par dépôt d'un bulletin de vote en papier dans une urne, soit par voie électronique par internet, selon les modalités fixées par le décret du 26 mai 2011 susvisé.
Tout recours juridictionnel contre les élections doit être précédé d'un recours déposé auprès du président de l'établissement public dans un délai de cinq jours à compter de la publication des résultats. Le président statue sur ce recours dans les huit jours de son dépôt. A défaut, le recours est réputé rejeté.
Lorsqu'un membre d'un conseil est empêché définitivement de siéger, démissionne ou perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou désigné, il est remplacé pour la fin du mandat dans des conditions fixées par le règlement intérieur. Cependant, si la vacance intervient moins de six mois avant la fin du mandat en cours, le siège reste vacant jusqu'à la fin du mandat.