Le conseil d'administration comprend :
1° Les chefs d'établissement ou d'organisme membre qui peuvent nommer un représentant permanent ;
2° Un représentant de la région Ile-de-France, un représentant de la métropole du Grand Paris, un représentant de la ville de Paris, un représentant de l'établissement public territorial Plaine Commune et un représentant de la ville d'Aubervilliers ;
3° Quatre représentants des enseignants-chercheurs et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation, des enseignants et chercheurs exerçant leurs fonctions dans l'établissement public ou dans l'un des membres de l'établissement dont deux professeurs des universités ou assimilés et deux relevant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ou assimilés ;
4° Quatre représentants des autres personnels exerçant leurs fonctions dans l'établissement public ou dans l'un des établissements membres ;
5° Quatre représentants des étudiants qui suivent une formation dans l'un des établissements membres ;
6° Huit personnalités qualifiées désignées de façon paritaire entre le nombre d'hommes et de femmes par le président de l'établissement après avis des autres membres du conseil.
Le directeur général, l'agent comptable, le directeur du pôle documentaire et le président du conseil scientifique de l'établissement public assistent avec voix consultative au conseil.
Le recteur de l'académie de Paris, chancelier des universités, recteur de la région académique Ile-de-France, assiste également ou se fait représenter aux séances du conseil d'administration.