Le Conseil national du numérique se réunit en tant que de besoin et au moins une fois par an, sur convocation de son président ou, en cas d'empêchement ou de vacance, des vice-présidents.
Les membres du conseil ne peuvent pas se faire représenter. Est déclaré démissionnaire d'office par le président, sur le rapport du secrétaire du conseil, tout membre qui n'a pas participé à deux séances consécutives du conseil.
Les membres du conseil sont tenus à une obligation de réserve et de confidentialité sur les débats auxquels ils participent et sur les informations auxquelles ils ont accès dans ce cadre.
Le conseil adopte son règlement intérieur sur proposition de son président. Il peut prévoir la création et les modalités de fonctionnement de groupes de travail.
Le conseil peut conduire des auditions de toutes personnalités qualifiées sur les sujets portés à son examen.