Les membres des commissions spécialisées sont indemnisés à hauteur de trois vacations par journée de présence à la Haute Autorité de santé.
Les membres des commissions spécialisées peuvent percevoir jusqu'à deux vacations supplémentaires en fonction du travail préparatoire demandé. Par exception, les membres de la commission de certification des établissements de santé peuvent percevoir jusqu'à trois vacations supplémentaires pour la préparation des dossiers de certification.
En complément, en cas de perte de revenu du fait de l'interruption de leur activité libérale exercée à titre principal, les membres des commissions spécialisées perçoivent une indemnité compensatoire s'élevant à quatre vacations par journée de présence à la Haute Autorité de santé.
Le nombre de vacations est fractionné par demi-journée en fonction du temps de présence à la Haute Autorité de santé.