Dans chaque collectivité régie par l'article 73 de la Constitution, il est institué une commission présidée par le préfet et composée :
- d'un représentant de chacun des services de l'Etat suivants : direction des entreprises de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi, direction régionale des douanes, direction départementale ou régionale des finances publiques, direction de l'environnement, de l'aménagement et du logement ;
- d'un représentant de chaque chambre consulaire ;
- d'un représentant du conseil régional, de la collectivité unique s'agissant de la Guyane et de la Martinique, du conseil départemental s'agissant du Département de Mayotte.
La commission se réunit au moins une fois par an sur convocation du représentant de l'Etat. Elle propose pour une durée de trois ans les conditions d'éligibilité des entreprises à l'aide au fret, précisant notamment leurs seuils d'effectif et de chiffre d'affaires, leur secteur d'activité, leur situation ou non en zone franche et leur politique relative à la gestion des déchets, la typologie des biens importés et exportés, ainsi que les seuils des dépenses éligibles.
En fonction de l'évolution économique locale, la commission peut proposer la révision de ces conditions d'éligibilité.
Dans chaque collectivité régie par l'article 73 de la Constitution et à Saint-Martin, le représentant de l'Etat arrête chaque année les conditions d'éligibilité de l'aide au fret, la date d'ouverture et de clôture de dépôt des demandes de subvention. Il arrête la liste des bénéficiaires de l'aide au fret.
Le représentant de l'Etat établit chaque année un rapport sur l'aide au fret qui est communiqué aux observatoires des prix, des marges et des revenus prévus aux articles L. 910-1-A à L. 910-1-J du code de commerce.