La mission de médiateur des affaires étrangères est confiée, par décision du ministre, à un agent public retraité, à un agent public en activité relevant d'une autre administration ou à une personne physique extérieure à la fonction publique. Le médiateur est choisi en raison de ses compétences en matière de gestion des ressources humaines.
Le médiateur est désigné pour une durée de 3 ans. Cette durée ne peut être modifiée qu'avec son accord exprès. Au terme de cette période, il peut être procédé, dans les mêmes conditions, au renouvellement des fonctions de médiateur.