Les sections du Contrôle général économique et financier sont au nombre de trois.
Dans les limites de compétence du Contrôle général économique et financier, elles conduisent des études et travaux transversaux dans les domaines énumérés ci-après :
- la première section traite des sujets relatifs à la gouvernance et à la gestion des organismes publics ;
- la deuxième section traite des thématiques liées aux politiques publiques concernant les organismes publics ;
- la troisième section traite des problématiques territoriales intéressant les organismes publics.