Chaque commission de réforme dispose d'un secrétariat.
En métropole, le secrétariat de la commission est assuré par la sous-direction des pensions.
Pour les commissions situées dans les collectivités régies par les articles 73 et 74 de la Constitution et en Nouvelle-Calédonie, le secrétariat est assuré par un personnel désigné par la sous-direction des pensions.
Outre l'organisation matérielle des séances, le secrétariat a pour rôle de procéder à la convocation des membres de la commission ainsi qu'à celle des demandeurs lorsque ceux-ci ont souhaité être entendus.
La constitution des dossiers complets et, le cas échéant, leur transmission au secrétariat des commissions constituées outre-mer incombent à la sous-direction des pensions.